Bùi Tiến Dũng sinh ngày 28 tháng 2 năm 1997, trong một gia đình người dân tộc Mường tại xã Phúc Thịnh, huyện miền núi Ngọc Lặc, tỉnh Thanh Hóa.[3] Cha của anh là ông Bùi Văn Khánh, mẹ là bà Phạm Thị Điều.[4] Tiến Dũng có một người chị ruột là Bùi Diệu Hương và em trai Bùi Tiến Dụng.[2] Gia đình anh làm nghề nông, thuở nhỏ hai anh em Tiến Dũng sớm phải làm lụng cho gia đình.[5][6]

Nhờ việc đã từng tham gia đá bóng cho các giải phong trào của huyện Ngọc Lặc nên cha của Dũng đã dạy cho các con chơi bóng đá nên ngay từ nhỏ, hai anh em đã đam mê bóng đá nhưng không có điều kiện được đào tạo chuyên nghiệp do hoàn cảnh khó khăn.[7][4] Đến năm lớp 2, Bùi Tiến Dũng thể hiện rõ niềm đam mê, ngoài giờ học và đi chăn trâu, đều ở lại tập đá bóng trong sân làng. Hai anh em lấy lá chuối, giấy vụn cuộn tròn lại, hay những quả bưởi hỏng để chơi bóng do hoàn cảnh gia đình.[4][8]Niềm đam mê bóng đá của hai anh em Tiến Dũng bắt nguồn từ đấy.[9]
Năm Bùi Tiến Dũng 12 tuổi, công ty trách nhiệm hữu hạn đào tạo bóng đá trẻ Thanh Tuấn ở huyện Thường Xuâncó tuyển sinh học viên, hai anh em Dũng xin mẹ theo học. Tuy gia cảnh khó khăn nhưng hai anh em vẫn được chú ruột bàn bạc với gia đình cho xuống trung tâm Thanh Tuấn để theo học văn hóa và tập luyện bóng đá.[10][8] Ban đầu, Dũng chơi trung vệ, nhưng do trung tâm thiếu quân số cho vị trí thủ môn nên Dũng bị đẩy xuống làm thủ môn và được dìu dắt bởi một cựu thủ môn của Đội bóng đá Công an Thanh Hóa.[11][12][13] Nhưng được một thời gian thì trung tâm này ngừng hoạt động, hai anh em trở về gia đình. Đúng lúc đó, Tiến Dũng đọc được tin Quỹ Đầu tư và Phát triển Tài năng Bóng đá Việt Nam (PVF) ở Thành phố Hồ Chí Minh có tuyển sinh ở Thanh Hóa. Do Dũng đã quá tuổi đăng ký cũng như hoàn cảnh khó khăn, chỉ có người em trai Tiến Dụng xuất sắc trúng tuyển.[14][8]Còn Tiến Dũng đành phải quay về bản Mường để đi làm phụ hồ, nhổ sắn thuê ở làng, phụ giúp kinh tế gia đình.[7]