FLC Thanh Hóa

Tưởng chừng phải bỏ sự nghiệp cầu thủ thì Tiến Dũng bất ngờ được huấn luyện viên Nguyễn Thành Dũng gọi lên đội tuyển trẻ của câu lạc bộ Thanh Hóa vào năm 2013.[2][15][8] Tập luyện được một thời gian dài thì năm 2015, Tiến Dũng nhanh chóng chiếm suất bắt chính của U19 Thanh Hóa tại giải vô địch U19 quốc gia.[15] Và câu lạc bộ FLC Thanh Hóa tiến hành mua lại hợp đồng đào tạo trẻ của Trung tâm Thường Xuân để sở hữu hoàn toàn Bùi Tiến Dũng, được đôn lên đội một và đăng ký thi đấu tại V-League.[16]

Tại V-League, dù Tiến Dũng được lãnh đạo câu lạc bộ FLC Thanh Hóa đặc cách tăng lương gấp đôi, tương đương mức trung bình các cầu thủ thường xuyên ra sân ở V-League[17] nhưng anh chỉ là thủ môn dự bị cho Nguyễn Thanh Thắng,[18]nhưng sau khi thủ môn này mắc những sai lầm khó giải thích trong trận thua 3-4 của FLC Thanh Hóa trước Than Quảng Ninh ngày 22 tháng 10,[19] Tiến Dũng đã ra sân trận đấu chuyên nghiệp lần đầu trong chiến thắng 2-0 trước Long An ở trận kế tiếp.[20] Mùa bóng 2017, Tiến Dũng chỉ được ra sân 6 trận.[18] Sau đó, anh được đem cho U-21 Becamex Bình Dương mượn để đội bóng này tham dự vòng chung kết U-21 toàn quốc.[21][22]

Sau khi giải vô địch U-23 châu Á kết thúc, Tiến Dũng đã được Thanh Hóa trao suất bắt chính ở AFC Cup, và có trận ra mắt giải này với chiến thắng 1-0 trước Cebu của Philippines.[23][24] Ạnh cũng có trận ra mắt tại V-League 2018 trong chiến thắng 1-0 của Thanh Hóa trước Thành phố Hồ Chí Minh.[25]