Sau khi đuổi giặc Mông Cổ ra khỏi bờ cõi, đất nước tuy đã thái bình nhưng điều đó vẫn chưa phải là niềm an bình trọn vẹn. Đại Hãn Mông Kha vẫn không từ bỏ ý định xâm lược Đại Việt bởi vì hắn nghĩ rằng thất bại của Ngột Lương Hợp Thai chỉ là một tai nạn hiếm gặp của quân đội Mông Cổ.

Vua Trần Thái Tông sớm đọc vị được điều này, phái Lê Phụ Trần làm Chánh sứ, Chu Bác Lãm làm Phó sứ mang cống vật sang Mông Cổ xin cầu hòa. Đến nơi, Mông Kha bắt tội vua Trần Thái Tông đủ điều, y đổ thừa sở dĩ chiến tranh giữa Mông Cổ và Đại Việt nổ ra là do vua Trần đã không cho y mượn đường đánh Nam Tống và nhiều lần bắt giam sứ giả do Ngột Lương Hợp Thai phái đến Thăng Long. Mông Kha vịn vào cớ này hạch sách Đại Việt phải tiến cống hàng năm cho hắn, may nhờ có tài ngoại giao của Lê Phụ Trần, cả hai bên định lệ cứ ba năm thì Đại Việt tiến cống phẩm một lần. Lúc này Mông Kha đang tập trung binh lực tiêu diệt Nam Tống (Trung Quốc) nên y không mặn mà về ý định tiếp tục đem quân xâm lược Đại Việt. Nhờ lẽ đó biên giới phía bắc của Đại Việt tạm thời được yên ổn.

Việc vua Trần Thái Tông có những chính sách ngoại giao mềm dẻo với Mông Cổ đã giúp cho Đại Việt có thêm thời gian để xây dựng đất nước và tăng cường sức mạnh quân đội. Trong khoảng thời gian sau này, triều đình Đại Việt có nhiều thay đổi lớn.

Ngày 24 tháng 2 (âm lịch) năm 1258, vua Trần Thái Tông nhường ngôi vua cho Thái tử Trần Hoảng và lên làm Thái thượng hoàng. Việc truyền ngôi sớm như thế là để phòng tránh việc tranh giành ngôi báu giữa các hoàng tử, đồng thời giúp cho nhà vua trẻ tập tành việc cai trị đất nước dưới sự chỉ bảo, giúp đỡ của Thái thượng hoàng. Kể từ đây, vua cha truyền ngôi cho thái tử để làm thái thượng hoàng trở thành tục lệ của nhà Trần. Thượng hoàng Trần Thái Tông lui về làng Tức Mặc (quê hương của họ Trần), cho đổi tên nơi này thành phủ Thiên Trường, xây dựng cung Trùng Quang để ngự ở đây giúp vua trẻ lo việc nước. Các thái thượng hoàng đời sau cũng như thế.

Thái tử Hoảng lên ngôi vua năm 18 tuổi, lấy hiệu là Trần Thánh Tông. Nhà vua tuy trẻ tuổi nhưng là bậc minh quân hiếm có, biết lấy nhân nghĩa trị nước, tôn trọng hiền sĩ, vua có khả năng văn võ song toàn. Dù là đấng thiên tử nhưng Trần Thánh Tông sống rất giản dị, luôn gần gũi với anh em, bà con, thậm chí những người này còn có thể tự do ra vào hoàng cung chơi đùa, thơ từ xướng họa, sinh hoạt, ăn ngủ cùng với vua như anh em trong nhà, không có khoảng cách vua - tôi theo lẽ thường. Chỉ khi cần giải quyết việc nước thì khi ấy mới phân ra rõ ràng vua - tôi. Nhà vua không chỉ thành tâm thực hiện nguyên tắc này mà còn nghiêm dạy cho con cháu đời sau noi theo, nhờ vậy hoàng tộc nhà Trần rất gắn bó, thân tình.

Dưới thời vua Trần Thánh Tông trị vì đất nước, bá tánh no ấm, đủ ăn đủ mặc, trong nước thái bình, thịnh trị. Chỉ lo ngại Mông Cổ thường xuyên có những hành động gây hấn với Đại Việt, chúng ép vua Trần Thánh Tông phải sang Mông Cổ chầu, thậm chí ép nhà vua lạy chiếu chỉ của hoàng đế Mông Cổ, ép Đại Việt phải cống nạp vàng bạc, ngọc quý, voi, ngà voi, sừng tê, trầm hương, đồi mồi, chén sứ, vải trắng,... hơn thế Mông Cổ còn muốn Đại Việt cống nạp người cho chúng, gồm nho sĩ, thầy thuốc có tài, người giỏi âm dương bói toán, các thợ lành nghề,... mỗi thứ ba người.

Về việc sang chầu Đại Hãn Mông Cổ, vua Trần Thánh Tông tìm nhiều lý do để không sang chầu, từ chối lạy chiếu của Đại Hãn Mông Cổ. Nhà vua đồng ý cống vật đầy đủ cho Mông Cổ nhưng không cống người. Mông Cổ được nước làm tới, ngày càng gia tăng yêu sách, vua Trần Thánh Tông một mặt nhượng bộ, một mặt bí mật chuẩn bị binh mã.

Suốt 21 năm trị vì trên ngai vàng, vua Trần Thánh Tông đối phó cực kì khôn khéo với Mông Cổ, nhà vua có sự nhượng bộ với chúng, nhờ vậy mà có thể giữ cho đất nước không phải lâm vào cảnh chiến tranh, giúp cho Đại Việt duy trì yên bình lâu dài.

Hoàng tử thứ ba của Thượng hoàng Trần Thái Tông là Chiêu Minh vương Trần Quang Khải. Trần Quang Khải là người văn võ song toàn đứng đầu triều đình, tài của Chiêu Minh vương đồng cân đồng lạng với Hưng Đạo vương. Quang Khải lúc làm tướng võ, lúc làm tướng văn, giúp vương nghiệp nhà Trần. Khâm Định Việt Sử Thông Giám Cương Mục nhận xét uy danh của Quang Khải ngang với Quốc Tuấn.

Trần Quang Khải được vua Trần Thánh Tông cho tham gia vào việc triều chính bắt đầu từ năm 1261, khi mới 20 tuổi ông đã được phong đến chức Thái úy, chức quan bấy giờ của Quang Khải chỉ xếp sau mỗi Thái sư Trần Thủ Độ. Đến năm 1271, Quang Khải được thăng lên chức Tướng quốc Thái úy, trở thành quan đại thần đứng đầu triều đình, nắm giữ việc nước, kể từ đây Quang Khải trở thành quan đầu triều suốt ba đời vua. Đặc biệt là cuối năm 1282 vua Trần Nhân Tông thăng cho Trần Quang Khải đến chức quan cao cấp nhất của triều đình là Thượng tướng Thái sư, nắm giữ toàn bộ quyền quân sự lẫn hành chính, quyền hạn rất lớn chỉ sau vua và thái thượng hoàng.

Hoàng tử thứ tư của Thượng hoàng Trần Thái Tông là Chiêu Quốc vương Trần Ích Tắc. Trần Ích Tắc thông minh hiếu học, chí lớn từ nhỏ, thông hiểu lịch sử, lục nghệ, văn chương nhất đời. Không chỉ học thuật, dù nghề vặt như đá cầu, đánh cờ, không nghề gì Ích Tắc không thành thạo. Nhờ sỡ hữu trí tuệ lanh lẹ, tư chất hiếm có nên Ích Tắc được Trần Thái Tông yêu mến nhất trong số các vị hoàng tử. Ích Tắc là người ham đọc sách thánh hiền, học cao hiểu rộng, khi lớn lên đã cho mở lớp học bên cạnh phủ đệ của mình, tập hợp văn sĩ bốn phương về đây nhận họ làm môn đồ, cho học tập, cấp cho ăn mặc, đào tạo thành tài, tiêu biểu là Mạc Đĩnh Chi ở Bàng Hà, Bùi Phóng ở Hồng Châu,... môn đồ của Ích Tắc có 20 người, đều được dùng cho đời.

Hoàng tử thứ sáu của Thượng hoàng Trần Thái Tông là Chiêu Văn vương Trần Nhật Duật, người này là một trường hợp đặc biệt của thời đó. Trần Nhật Duật có vẻ ngoài điềm đạm, mừng giận đều không biểu lộ trên khuôn mặt, dù cho có chuyện gì vẫn không thể khiến ông hoảng loạn. Tên tuổi và sự nghiệp của Trần Nhật Duật gắn liền với giai đoạn vinh quang nhất của nhà Trần. Ông nắm giữ nhiều chức vụ quan trọng của triều đình như Thái úy Quốc công, Tá thánh Thái sư trong suốt bốn đời vua, không những có tài cầm quân và hành chính mà Trần Nhật Duật còn là một nhà ngoại giao tài ba nhờ khả năng ngoại ngữ đặc biệt.

Trần Nhật Duật không chỉ thông làu tiếng Hán mà còn nói được tiếng Chiêm Thành, tiếng Sách Ma Tích (Singapore ngày nay) và tiếng nói của các dân tộc thiểu số. Không chỉ thông thạo ngoại ngữ của các nước láng giềng, Trần Nhật Duật còn có sở thích giao lưu với các nước này nên ông rất am hiểu văn hóa, phong tục tập quán của họ. Có lần Nhật Duật tiếp sứ thần nhà Nguyên, ông nói tiếng Hán tốt đến mức sứ giả Nguyên không tin ông là người Đại Việt mà nghĩ ông là người Hán, ông phủ nhận nhưng sứ giả không tin, sứ giả còn khẳng định Nhật Duật là người Hán ở Chân Định (gần Bắc Kinh ngày nay) sang làm quan tại Đại Việt.

Khả năng ngoại ngữ của Trần Nhật Duật được vua Trần Nhân Tông thán phục ca ngợi:

- Chú Chiêu Văn có lẽ là kiếp sau của người phiên lạc nên giỏi tiếng các nước đó.

Ngày xưa người trong hoàng tộc am hiểu nhiều thứ tiếng, nói chuyện với người nước ngoài rành rẽ mà không cần người phiên dịch, hơn nữa còn có vốn hiểu biết và thích giao lưu văn hóa với nhiều nước như Trần Nhật Duật là trường hợp rất hiếm có.

Người tiếp theo là Nhân Huệ vương Trần Khánh Dư, thiên tử nghĩa nam của Thượng hoàng Trần Thái Tông. Ông là võ tướng giỏi đánh thủy chiến nhất triều Trần. Trần Khánh Dư tham gia đủ cả ba cuộc kháng chiến chống Nguyên Mông và trong cả ba lần đó ông đều là một trong những nhân tố chủ chốt.

Trần Khánh Dư là con trai của Thượng tướng Nhân Huệ hầu Trần Phó Duyệt, dòng dõi Trần Thủ Độ. Nhờ có nhiều phẩm chất ưu tú nên Khánh Dư được vua Trần Thái Tông bồi dưỡng và nhận làm con nuôi, phong làm Phiêu Kỵ tướng quân (vào thời nhà Trần, nếu không phải là hoàng tử thì không được phong chức này, Trần Khánh Dư là thiên tử nghĩa nam của Trần Thái Tông nên là trường hợp ngoại lệ). Chỉ tiếc rằng cuộc đời của Trần Khánh Dư có một vết nhơ. Khi đã có được công danh địa vị, Trần Khánh Dư lại vướng phải vụ án thông dâm với Thiên Thụy công chúa đã có chồng là Hưng Vũ vương Trần Quốc Nghiễn, con trai Hưng Đạo vương Trần Quốc Tuấn.

Sự việc bị phát giác, Trần Khánh Dư thân là thiên tử nghĩa nam lại có hành vi thông dâm, một hành vi rất đáng bị lên án và xử phạt nghiêm minh của xã hội thời xưa. Trên công đường xét xử, vua Trần Thánh Tông sợ phật ý Hưng Đạo vương nên đành xử tội Trần Khánh Dư chịu hình phạt bị đánh đến chết. Nhưng trước đó Thánh Tông đã ngầm dặn lính đánh nương tay, chúc đầu gậy xuống, nhờ thế mà đánh qua 100 roi Trần Khánh Dư vẫn sống, thế nên được tha tội chết (luật pháp thời Trần quy định nếu bị đánh qua 100 roi mà không chết nghĩa là trời tha nên được miễn tội chết). Sau đó Trần Khánh Dư bị tước hết địa vị gia sản, phải về quê (Chí Linh, Hải Dương) bán than kiếm sống.

Năm 1282 ở hội nghị Bình Than, Trần Khánh Dư được vua Trần Nhân Tông phục chức, phong làm Phó Đô tướng quân, từ đây ông tiếp tục được triều đình tin dùng. Trần Khánh Dư là tướng bốn đời của nhà Trần và là một trong những vị tướng giỏi nhất của triều đại Đông A.

Bảo Nghĩa vương Trần Bình Trọng là con trai của Lê Phụ Trần và Chiêu Thánh, tên thật là Lê Khâm. Thông thường chỉ những con cháu hoàng thất mới được phong "vương" nhưng xuất thân của Lê Khâm có điều đặc biệt, ông là con của Chiêu Thánh và Lê Phụ Trần nên được đặt cách mang họ của vua, phong tước "vương" cũng là điều bình thường. Thẳng thắn mà nói, nhà Trần mắc nợ Chiêu Thánh rất nhiều.

Trần Bình Trọng dũng mãnh hơn người, tính tình cương trực, thẳng thắn, vẻ bề ngoài của ông hơi bặm trợn, nghiêm nghị với quân sĩ. Vua Trần Thánh Tông giao cho Trần Bình Trọng chỉ huy đội quân Thánh Dực Dũng Nghĩa, sở dĩ nhà vua sắp xếp cho Bình Trọng chỉ huy đội quân này là bởi vì chỉ mỗi mình ông mới có đủ uy dũng và biết cách khiến họ chịu quy phục. Vốn dĩ các binh sĩ Thánh Dực Dũng Nghĩa là tập hợp của những người xuất thân từ giang hồ, những tử tù hoặc các tội phạm nguy hiểm nhất được vua tha mạng để sống cống hiến cho quốc gia. Tuy nhiên, họ sống không phải để lập công chuộc tội mà là để thỏa chí tung hoành thiên hạ, vì đối với những kẻ đã từng chọc trời khuấy nước, không người thân thích, không ai đoái hoài như họ thì mạng sống chỉ có ý nghĩa khi được sống với dã tính điên cuồng trên chiến trường, vì đó mới chính là con người họ, chiến đấu trên chiến trường là ý nghĩa cuộc đời họ.

Đội quân Thánh Dực Dũng Nghĩa được đánh giá là đội quân tinh nhuệ bậc nhất của Đại Việt thời bấy giờ, vì xuất thân của họ đều là những tội phạm nguy hiểm có tiếng trong giới giang hồ, có sự ngang tàng, lì lợm và có sẵn kinh nghiệm thực chiến. Tuy đội quân này không nằm trong biên chế chính thức của triều đình nhưng đặc biệt chuyên nghiệp vì được hưởng chế độ huấn luyện ngang với Cấm quân (quân bảo vệ kinh thành). Thánh Dực Dũng Nghĩa sống rất nghĩa khí và trung thành với nhà vua, nhưng tính khí của họ thất thường, không hiểu lễ nghĩa, rất khó chế ngự. Nhiệm vụ của đội quân này là xung trận tuyến đầu, đánh những trận quan trọng nhất, xuất hiện ở những nơi thập tử nhất sinh, nói ngắn gọn họ là "Cảm tử quân".

Trong các cuộc kháng chiến chống quân Nguyên Mông năm 1285 và năm 1288, đội quân này đóng vai trò quan trọng, góp công lớn vào chiến thắng của toàn quân dân Đại Việt, những trận đánh nổi tiếng của họ là trận Thiên Mạc, Tây Kết (1285) và Bạch Đằng (1288). Chỉ tiếc họ không được sử sách đề cao. Có thể nói, cấm quân triều đình và Thánh Dực Dũng Nghĩa là đôi cánh sức mạnh của quân đội nhà Trần, tuy nhiên một cánh là trắng, một cánh là đen. Điều này có nghĩa nếu như Trần Bình Trọng có khả năng chỉ huy và khiến những con người này chịu phục tùng ông thì khí chất của ông không phải tầm thường.

Nhân vật nổi bật nhất trong thế hệ thứ hai của triều đại Đông A không ai khác chính là Hưng Đạo vương Trần Quốc Tuấn. Quân Nguyên Mông sợ Trần Quốc Tuấn đến nỗi không dám gọi tên thật của ông, chúng gọi ông một cách rất cung kính là An Nam Hưng Đạo vương.

Ngoài những nhân vật tiêu biểu ở trên cũng phải nhắc đến An Tư công chúa. Nhờ có An Tư công chúa vì nước quên thân, chấp nhận hi sinh bản thân mình, đến doanh trại của tướng giặc làm thiếp của hắn, đồng thời thay thế vua Trần Nhân Tông bày tỏ thành ý muốn cầu hòa để triều đình có thời gian rút khỏi Thăng Long, từ đó tạo tiền đề để Đại Việt có cơ hội lật ngược thế cờ trong cuộc kháng chiến chống giặc Nguyên Mông lần thứ hai.

Lần lượt Trần Thủ Độ mất, Trần Thái Tông băng hà, khi Lý Chiêu Hoàng qua đời cũng là lúc lịch sử không còn nhắc đến tên Lê Phụ Trần. Thế hệ thứ nhất của nhà Trần chính thức khép lại tại đây, qua đó mở ra thời kì mới để thế hệ thứ hai xuất hiện, đó là thế hệ kiêu hùng nhất của triều đại Đông A.

So với các thế hệ khác của vương triều này thì thế hệ thứ hai là vượt trội nhất. Tại thời điểm đó, Đại Việt đã may mắn sản sinh ra rất nhiều nhân tài cùng một lúc, như Trần Thánh Tông, Trần Quốc Tuấn, Trần Quang Khải. Đặc biệt, những nhân vật trong hoàng gia không chỉ có công xây dựng đất nước và bảo vệ nền độc lập cho Đại Việt mà còn có công phát hiện ra những nhân tài và bồi dưỡng cho họ, từ đó tạo ra nền móng vững chắc cho đời sau. Mặc dù nhà Trần có chính sách ưu tiên cho hoàng gia trong bộ máy quan lại, nhưng người ngoài tộc nếu có thực tài vẫn được trọng dụng và trở thành trụ cột triều đình, sự xuất hiện của những người tài giỏi như Yết Kiêu, Dã Tượng, Phạm Ngũ Lão, Trương Hán Siêu hay Mạc Đĩnh Chi phần là vì triều đại Đông A biết cách nhìn người và trọng dụng nhân tài.