Sáng hôm sau, một thanh niên tên là Kouta chuyển đến Kamakura để bắt đầu học tập ở trường đại học trong khu vực. Yuka chào đón người bạn thời thơ ấu của cô và cho phép anh ở lại trong một quán trọ bỏ hoang cũ của gia đình
mình, với điều kiện phải giữ nó gọn gàng và sạch sẽ. Kouta đã từng đến nơi này cách đây 8 năm khi anh còn nhỏ, và anh quên sạch những sự kiện diễn ra ở đây sau cái chết bi thảm của cha và em gái mình, kể cả Yuka. Chiều hôm đó, Kouta và Yuka đi dạo trên bãi biển Yuigahama, nơi mà họ nhìn thấy Lucy. Vì vết đạn bắn, Lucy trở thành Nyu - một nhân cách khác của cô, nhân cách này ngây thơ như trẻ con, ngoan ngoãn, hiền lành và không biết nói gì khác ngoài từ "Nyu". Không biết làm gì với cô, và dù cô có cặp sừng trên đầu, Kouta và Yuka đành đưa Lucy về nhà để chăm sóc và bảo vệ cô. Họ đặt tên cô là Nyu theo như từ cô thường gọi. Trong khi đó, quản lý Kurama - trưởng phòng thí nghiệm tại viện nghiên cứu nọ, đã gửi đến Kamakura các đơn vị đặc nhiệm của cảnh sát Nhật Bản (S.A.T) để truy lùng cô gái diclonius. Bandou, một thành viên của đơn vị đặc nhiệm rất hung hăng và tàn bạo, phát hiện ra Nyu trên bãi biển, sau khi cô bỏ chạy khỏi quán trọ do bị Kouta trách mắng việc làm hỏng kỉ vật của em gái anh. Bị Bandou tấn công, Lucy quay về con người thật hung ác, cô phế tay trái, làm gãy tay phải và phá hỏng hai mắt anh. Tuy nhiên sau đó Lucy lại mất kiểm soát nhân cách và biến lại thành Nyu rồi bỏ chạy, Bandou nhờ đó may mắn thoát chết. Mayu, một cô bé vô gia cứ vừa bỏ nhà ra đi do bị người cha dượng quấy rối tình dục, đã giúp Bandou cầm máu và tìm người giúp đỡ anh. Sau thất bại của S.A.T, Kurama tiếp tục gửi Nana, một silpelit nhỏ tuổi xem anh như người cha tinh thần, làm nhiệm vụ trinh sát dò la tin tức của Lucy do các diclonius có thể cảm nhận thấy sự hiện diện của nhau. Hai người gặp nhau khi Lucy đã quay về bản chất cũ. Nana muốn nhận được lời khen từ Kurama nên đã giao chiến với Lucy, kết quả cô bị phế cả hai tay lẫn hai chân trước sự chứng kiến của Mayu. Khi Nana sắp bị giết thì Kurama và quân tiếp viện xuất hiện ứng cứu kịp thời.Nhân cách của Lucy lại biến đổi lần nữa và cô quay về quán trọ. Kouta và Yuka quyết định mang Nyu đến trường vì không muốn cô gây ra chuyện khi ở nhà một mình. Họ tham dự một lớp học được giáo sư Kakuzawa giảng dạy, người có liên quan đến cơ sở nghiên cứu đang truy tìm Lucy và bản thân cũng là một diclonius. Ông bịa ra câu chuyện rằng Nyu là con của anh trai ông và giữ cô lại. Chủ ý thật sự của Kakuzawa là muốn Lucy sinh cho ông những đứa con diclonius và trở thành chúa tể của một chủng tộc mới thay thế con người. Lucy bỗng lấy lại nhân cách cũ và sau khi nghe Kakuzawa nói rõ dã tâm của mình, cô giết chết ông rồi bỏ chạy. Kouta, cảm thấy lo lắng, quay trở lại văn phòng và gặp nữ trợ lý của Kakuzawa là Arakawa, một nhà nghiên cứu cùng làm việc với ông trong việc tạo ra loại vắc-xin chống lại các virút lây truyền qua vector của diclonius; cả hai phát hiện xác của Kakuzawa, và Arakawa yêu cầu Kouta quay trở về đồng thời giữ bí mật về việc này, mọi việc cứ để cô lo liệu.Sau này Arakawa bị bắt cóc bởi giám đốc Kakuzawa, vốn là cha của vị giáo sư nọ và là tổng giám đốc Viện nghiên cứu Diclonius, ông ép buộc cô phải làm việc dưới trướng của mình.Lúc này Kouta và Yuka đã tìm được Nyu với nhân bản hiền lành ở đền Sasuke Inari, họ cũng đón nhận cô bé Mayu cùng sống chung nhà.